例として拙宅のチョコボのボーン設定について書きます。
まず、完成図と、各部位のボーン設定図です。
＜-完成図下：ボーン設定図−翼と尻尾は外してあります-
チョコボのケースでは、前足をカットし、やや胴長に胴体を作り、足をそのまま後足位置（鳥類の場合腕が翼に変化しているため）に割り付け、翼と尻尾はアニメーションの関係から、腕・尻尾指定せずにアクセサリとしてつけています。鳥の場合、猫同様もともと後足で顔を掻いたり、座ったりしますので、この辺についてはさほど違和感はありません。
ここで翼をARMやARM１に指定すると、翼をゆがめてだらりと垂れ下がります（前足は４つ足では地面についているため）。
尻尾はTail割付だと垂直に立たず、箒のように垂れ下がるか、水平に寝てしまいます。はじめ人ではあまり動かないPELVIS割付にしましたら猫ではこのボーンがクラッチのように回転するため、ぐにゃぐにゃにゆがみ、おかしな表示になりました。大失敗。
現在のチョコボの問題動作は、走行時にスズメのようにぴょんぴょん飛び跳ねてしまう点と、寝るとき鳥としては不自然な丸まり方（鳥の場合すとんと座って首だけ背中に埋める）になるところ。
喧嘩などは、嘴がかなり前方に出ているので、前足での叩き合いは互いに嘴をつけて背伸び合戦のようになりますし、爪とぎは嘴とぎになります。この２点は、猫のアニメーション流用のため、いかんともしがたい部分です。それほど違和感はないので、まあいいかなと・・・・（＾＾；
Jointの関係上胴長になっており、また胴体幅を薄く作っているので、それを目立たせないために翼を上下にやや大きめに取り、外側にやや山なりに湾曲させてふっくらした感じになるようにしました。長さもほぼ尻尾の部分まで来るように作り、さらに頭を大きめに作って、頭身も小さくしています。
このスキンはブレンドデータ一切なしです。左右の翼と尻尾はアクセサリとしてcmxでつけられており（これは失敗でした）、両方とも指定ボーンは胴体に連動する以外の動きが少ないSPINEです。
SPINE2指定では伸びの動作の時などに、ぐいと上半身と首に引っ張られることがあります。
ARMならびにHAND、FINGER0といった前足関連ボーンは前足カットですからありません。
また、脚設定もLEG1の指定箇所は翼で隠れてしまうのと、これを割り付けると腿部分が動いたときにびよんと下方に延びるので割り当てていません。
LEGも足が胴体に付く杯型の部分のみにして、アニメーションの際に脚の変形が出来るだけ目だたないようにしています。
胴部分の前半分がSPINE2指定なのは、首のアニメーションに連動して、上胸部も動かないと、餌を食べる動作などで首を動かしたとき、首の下部が筒をひっぱったようにつぶれてしまうのを避けるためです。
胴部は尾部がとがっていて厚みが薄く、さらに高さがないため、猫にはあるPELVISのボーンは、アニメ時に９０度回転が起こると背中に指定箇所が飛び出す不具合が起きたため、このボーンもありません。
ちなみにスエゾー、ピンキーはすべてがHEAD指定という、大胆(手抜きともいう)なスキンになっています。
どうボーンを割り当ててもしっぽ（？）の動きがひどく奇妙だったため、そのようにしました。
ご覧ください！オブジェクトパネルと素材パネルの潔いほどの少なさを！(笑)
メッシュ自体は結構細かいのですけれどね。
オリジナル・スキンの場合、ペット、人シムともにここの部分はは絶対このボーン！という決定打がありませんから、大体のボーンの動きをある程度予測して、大体こんな感じかな？と割り付けてみます。
それからsknに変換、SimViewで実際に動かしてみて、アニメーションの際の変形をチェック、おかしなところを手直し・・・という手順を繰り返して、そのメッシュに最適なボーン設定を探し出さねばなりません。